1949年5月27日，上海解放。由于受时局和战争的影响，当时的国家高等教育，院校数量不足，发展缓慢，布局也欠合理，多集中于沿海地区。高等医学教育的状况更是如此。在上海，医学院校有6所，不少内地省份，医学教育一片空白。这种局面，既不能适应教育为人民大众服务的需要，也不能适应建设新中国的需要。为此，中共中央华东局发出了“面向农村，走向内地”等六大号召，号召上海各高等院校内迁，支援内地建设和发展，为更广大的人民群众服务。
1949年暑假期间，东南医学院附属医院院长汤蠡舟与华东军政委员会卫生部部长崔义田会晤，探讨东南医学院未来发展时，双方均认为东南医学院及附属医院面向广大农村发展是一条康庄大道。为谋求东南医学院自身的发展。在党和政府的鼓励和帮助下，8月3日，东南医学院校务委员会召开会议，率先响应政府号召，一致通过了内迁决议案。
经东南医学院与华东局卫生部分析、研究，一致认为东南医学院内迁安徽最符合现实的需要。随即组织内迁考察团前往安徽合肥、蚌埠、芜湖等地，开展调查、寻觅和勘察院址工作。
怀远县地处淮河中游，行政上隶属于皖北区党委、行署管辖。这里山水相连，风景秀丽，民风淳朴。县城距蚌埠市区二十华里，城内既有的教育基础较好，且有美国教会遗留的民望医院、民康医院及怀西中学、培德女校等医院、校舍及部分设施。经东南医学院与皖北行署会商，双方认为将东南医学院迁往怀远县城最为合适。
1949年8月，中共中央华东局、华东军政委员会先后批复同意东南医学院内迁皖北地区，院舍经费改由政府拨给。1949年9月26日，院长张锡祺就东南医学院内迁皖北怀远事宜，向华东军政委员会卫生部专题呈报内迁计划书等请示文件，内迁筹备工作正式开始。
1949年11月28日，东南医学院函邀皖北行署派员到沪协助学院迁校事宜；并请另行派员会同怀远县政府接收、看管西门岗内民康、民望医院，淮西男中、女中，省立中学，培德女中，救济院及外国人遗留住宅等八部分的房屋财产。12月3日，华东军政委员会卫生处电告皖北行署卫生处：“今后东南医学院的领导及建制归属皖北人民行政公署卫生处”。
12月26日上午9时，东南医学院在上海震旦大学大礼堂，举行“私立东南医学院向上海各界话别会”，会议发表了东南医学院内迁安徽《向上海各界人民告别书》，同时上海各界欢送东南医学院内迁皖北怀远县。28日凌晨45分，全校师生员工、教职工家属及附属医院医师职工共计500余人及校产，在东南医学院附属医院院长汤蠡舟的带领下，动用12节火车车厢，由上海北站集体出发，乘坐专列离开了上海。当火车经过无锡时，国民党飞机在上空盘旋，并用机枪扫射，万分惊险。抵达怀远时，数千件仪器设备和行李却没有破损和遗失。
1950年1月6日，第二批教职员工及少数同学离沪赴安徽怀远。7日下午，私立东南医学院在怀远县建新中学举行联欢大会，与怀远县各界联欢。9日起学院开始办公。16日起学生正式上课。
东南医学院内迁，是学校发展史上的转折点和里程碑，具有重要的现实意义和深远的历史意义。正如学院在《向上海各界人民告别书》里指出的：“东南医学院成立23年来，几乎天天在黑暗中摸索着，今天才第一次见到光明，找到了灯塔”。
此时的东南医学院虽然仍然保持着私立医学院的形态，但行政隶属关系发生了新的变化。改由华东军政委员会卫生部、教育部及皖北行署领导。院长仍由爱国进步人士、著名眼科专家张锡祺教授担任。李祖蔚任副院长。1950年11月，上级委派陈韧为学院政治协理员，俞洽成为政治主任教员。1951年2月，为加强对学院的党、政领导，皖北区党委委派李广涛任第二副院长。学院成立院务委员会。
1951年1月中央人民政府教育部，6月华东军政委员会先后批复，同意东南医学院由私立改为公立，委托皖北行署正式接管。1951年5月5日，学院临时院务委员会成立。10月，将“私立东南医学院”更名为“东南医学院”，东南医学院正式成为国有公立的高等学校。
